Взаимодействие школы и вуза в процессе обучения помогает лучше ориентироваться в профессиях, организация практической деятельности и стимулирования их профессионального выбора, обеспечивает выявление и развитие индивидуальных склонностей и способностей. Совместная работа школы и вуза по профессиональному консультированию и оказанию помощи в самоопределении учащихся способствует осознанному и правильному выбору специальности и успешному трудоустройству по окончании школы.
Взаимодействие школы и высших учебных заведений осуществляется по нескольким направлениям.
Просветительская деятельность осуществляется через встречи школьников с представителями науки и преподавателями вузов в рамках различных мероприятий, ярким примером такого взаимодействия является участие обучающихся в организованных НФИ КемГУ и СибГИУ семинарах-дискуссиях и научно-методических семинарах.
Участие в олимпиадах, организуемых высшими учебными заведениями. На протяжении двух лет обучающиеся принимают участие во Всесибирской открытой олимпиаде школьников, проводимой на базе Лицея №84. Учащиеся школы активно принимают участие в олимпиадах, проводимых ВУЗами Томской области (ОРМО, Северо-восточная олимпиада, САММАТ). На протяжении нескольких лет учащиеся принимают активное участие в вузовских олимпиадах КемГУ, СибГИУ и Куз ГТУ. В 2016-2017 году МБОУ «СОШ №65» стала площадкой для проведения олимпиады «Турнир им. Ломоносова».
Еще одной важной частью профориентационной работы является участие школьников в региональных научно-практических конференциях, которые организованы НФИ КемГУ, СибГИУ, где ребята представляют свои исследования, знакомятся с кафедрами вузов, преподавательским составом, входящим в состав жюри, учатся отстаивать свою точку зрения на исследуемые проблемы и прислушиваться к компетентным советам членов жюри.
Обучающиеся старшего звена на протяжении многих лет успешного сотрудничества с НФИ КемГУ приняли участие в профильных школах.